La ville compte trois jardins remarquables (label décerné par le ministère de la Culture et de la Communication depuis 2005).
Ce jardin de 17 hectares abrite une bastide du XVIIIe siècle (Musée) mise en valeur par un jardin « à la française » et un parc paysager du XIXe siècle. Ses allées sont très prisées des joggers et des promeneurs qui apprécient également de flâner entre les massifs de la roseraie ou de découvrir les espèces rares du jardin botanique. Le plan d’eau, son embarcadère, sa buvette et son restaurant (en attente d’une nouvelle gérance) complètent les multiples attractions du site. Le Parc Borély est aussi un paradis des enfants doté de deux aires de jeux.
Parc Urbain de 10 hectares situé en plein coeur de Marseille, sur le site de l’ancienne gare du Prado. On y trouve un terrain de boules, et 2 aires de jeux pour enfants. En 2002 les 4 jardins thématiques ont été aménagés (provençal, oriental, africain et asiatique) symbolisant le brassage des cultures propres à Marseille. Les travaux ont commencé à l'automne 1999. Le parc a été inauguré le 23 juin 2001. De conception très contemporaine, le parc s’inscrit cependant dans la mémoire commune, faisant référence aux vingt-six siècles d’histoire de la Ville.
Au cœur de ce jardin niché sur le boulevard Michelet (surface 1,4 hectare), on trouve une des rares bastides du XVIIIe siècle, son propriétaire Messire Raphaël de Magalon, lui donna son nom. Le jardin fut redessiné en 1901 par le paysagiste Edouard André. Véritable jardin baroque, les valeurs et les perspectives, les espaces et les profondeurs prennent tout leur relief en y dessinant des formes géométriques.
Le Parc Longchamp, s’est constitué au fil du temps, par la stratification des différents projets, imaginés ou réalisés sur le site, depuis le XIXe siècle. Le parc Longchamp, le parc Borély, le jardin de la Magalone et le parc du 26ème centenaire, ont obtenu en 2005 le label « jardin remarquable » décerné par le Ministère de la Culture. Ce fut un Jardin zoologique, de 1854 à 1987.
Le site du Port Antique (dénommé Jardin des vestiges à son ouverture au public en 1983) présente les résultats des premières grandes fouilles archéologiques urbaines réalisées en France. Les vestiges, révélés en 1967 sur le chantier de construction du Centre Bourse, sont des témoins historiques majeurs. Le site se structure autour de la voie romaine, des remparts grecs et autour du Port Antique où a été découverte la plus grande épave visible au monde. Cette voie romaine longée par des monuments funéraires pénètre dans la ville par une entrée monumentale.
